Protéomique et Spectrométrie de Masse des Biomolécules

Formation & Communication

Cycle de formation Inter-EPST CNRS-INSERM-INRA

Publier et échanger les résultats des analyses protéomiques

Normes utilisées en protéomique dans la publication des données de spectrométrie de masse
Gestion et partage des données d’analyse protéomique

Nombre de participants : 70

Dates : 16-19 juin 2009

Lieu : VVF Le Ponant - 34 La Grande Motte

Les avancées récentes en spectrométrie de masse permettent d’atteindre des volumes de données importants avec une précision jusqu’à présent inégalée. L’objectif de cette formation est d’informer sur l’exploitation des données obtenues par les technologies disponibles (Orbitrap, MALDI-TOF/TOF, QTof) en respectant les recommandations éditoriales.
Cette formation aborde les contraintes liées aussi bien à l’identification des protéines qu’à l’analyse des modifications post-traductionnelles et aux démarches quantitatives.
Cette formation présente également les ressources informatiques et bioinformatiques les plus performantes pour la gestion des projets et le stockage, la sauvegarde et le partage des données. Une attention particulière sera portée sur la gestion des données à large échelle. Les aspects de traitement statistique des données et de classification seront également abordés.
Cette formation doit apporter aux acteurs de la protéomique les connaissances indispensables à la gestion d’un projet scientifique dont l’objectif sera sa valorisation par une publication dans les meilleures revues scientifiques. Les recommandations pour la publication des résultats analytiques ainsi que pour l’archivage des données sont devenues en effet très exigeantes. Le fil conducteur de cette formation sera la prise en compte des « guide-lines » des journaux protéomiques pour la planification d’analyses protéomiques (ex identification : calcul du taux de faux positif ; quantification : nb de réplicats etc.)
Au delà de la reproductibilité biologique, pour une analyse protéomique par spectrométrie de masse, les thèmes abordés concernent les données d’identification des protéines, de caractérisation des modifications post-traductionnelles et de quantification, vues aussi bien sous l’aspect de la validation des analyses que du stockage et de la diffusion de ces données. Ces contraintes s’imposent aux professionnels de la protéomique comme aux utilisateurs de ces données. Cette formation s’adresse spécifiquement aux utilisateurs directs des technologies de la protéomique au sein des plates-formes et plateaux techniques, ainsi qu’aux biologistes porteurs de projets qui ont une bonne connaissance de l’analyse protéomique.

Avoir les connaissances de base et une pratique de l’analyse protéomique par spectrométrie de masse.
Une évaluation des demandes sera effectuée à l’issue des inscriptions. Un questionnaire pertinent sera adressé à chaque candidat à la formation afin d’effectuer une sélection sur la base de leur niveau d’expérience dans l’analyse protéomique.

Cette formation se compose d’une partie théorique destinée à l’ensemble des participants et d’une partie pratique sur des plates-formes d’accueil pour des études de cas qui seront sélectionnés.
La durée de la formation théorique est de 3,5 jours avec un programme réparti entre des cours et des tables rondes afin de favoriser les échanges entre intervenants et participants.
Le contenu pédagogique des cours est divisé en plusieurs sessions faisant intervenir les laboratoires français ayant une expérience dans le domaine ainsi que quelques conférenciers experts internationaux afin de couvrir au mieux les aspects les plus actuels. Les normes requises en vue de la publication des résultats seront explicitement précisées à chaque session.
Des tables rondes ont pour objectif d’analyser des projets concrets au travers des expériences pratiques de participants et de proposer des solutions compatibles avec les exigences éditoriales.
Les formations pratiques de l’utilisation de logiciels et appliquées à des données réelles se feront après sélection par les plates-formes d’accueil des demandes, pour un maximum de 16 participants. Le contenu et les dates de ces formations pratiques seront précisés lors de la formation théorique en juin 2009.

Les intervenants fourniront une version de leur présentation au format PDF une semaine avant la formation pour l’élaboration d’un document support qui sera mis à disposition des participants.

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